建所至今,有機所共獲得各種科研成果獎366項,包括國家三大獎75項,其中國家自然科學一等獎3項(合作2項)、二等獎20項(合作1項);國家創(chuàng)造發(fā)明獎3項(合作1項)、國家發(fā)明二等獎4項(合作3項);國家科技進步獎特等獎3項(合作)、一等獎1項(合作)、二等獎12項(合作6項);中國科學院科技成果獎145項,其中一等獎28項;上海市科技成果獎92項。